1940–1950 m.

Universitetas, išgyvenęs sovietinių ir vokiečių okupacijų metu vykdytas pertvarkas, galiausiai, 1950 m. spalio 31 d. reorganizuojamas į Kauno politechnikos institutą ir Kauno medicinos institutą.

1940 m. rugpjūčio 21 d. Vytauto Didžiojo universitetas pervadinamas Kauno universitetu. Priimamas naujas statutas, kuriame nebelieka autonomijos. Uždaromas Teologijos-filosofijos fakultetas, Matematikos-gamtos fakultetas iškeliamas į Vilniaus universitetą.

1941 m. rugpjūčio 1 d., vokiečių okupacijos metais, Laikinoji Lietuvos Vyriausybė patvirtindama universiteto statutą, Kauno universitetą vėl pavadina Vytauto Didžiojo vardu.

1943 m. kovo mėn. okupacinė valdžia Vytauto Didžiojo universiteto veiklą formaliai sustabdo.

1944 m. rudenį, prasidėjus antrajai sovietinei okupacijai, Vytauto Didžiojo universitetui leista pradėti naujus mokslo metus. 1946 m. liepą, perduodant universitetą Sovietų sąjungos Aukštojo mokslo ministerijos pavaldumui, pakeičiamas ir jo pavadinimas į Kauno valstybinį universitetą.

1949 m. į Vilniaus universitetą iškeliamas Istorijos-filologijos fakultetas, pradėta ardyti iki tol didžiausia ir retenybėmis turtingiausia Lietuvoje universiteto biblioteka.