1941 m. liepos 3 d. Laikinoji vyriausybė, kurioje buvo nemažai Universiteto dėstytojų, grąžino universitetui Vytauto Didžiojo vardą. Visi vadovai, paskirti Sovietų valdžios, buvo atleisti iš Universiteto. Vokiečių okupacinė valdžia taip pat pareikalavo atleisti žydų tautybės dėstytojus, pašalinti žydų ir lenkų tautybės studentus. Žydų tautybės dėstytojai ir studentai netrukus pateko į Vilijampolėje įkurtą getą. Lietuviai inteligentai išgelbėjo nemažai žydų, tarp kurių buvo ir kelios žydų dėstytojų šeimos. 1943 m. kovo 17 d. okupacinė kariuomenė užėmė beveik visus Universiteto rūmus, studijos buvo nutrauktos. Vis dėlto paskaitos vyko kitose patalpose, buvo išduodami baigimo diplomai, o dėstytojams mokamos algos už mokslinį darbą. Prie tuo metu veikusios vakarinės mokyklos – Suaugusiųjų instituto – dalis dėstytojų organizavo medicinos kursus ir Aukštesnįjį technikos skyrių, kuriuose nelegaliai buvo dėstoma universiteto pirmųjų kursų programa. Nacių okupacijos metais Lietuvoje vyko įvairių formų masinis antinacistinis pasipriešinimas, pasireiškęs pilietinio nepaklusnumo akcijomis ir pogrindinės spaudos gausumu, veikė daug lietuviškų antinacinių pasipriešinimo organizacijų, kuriose dalyvavo Universiteto dėstytojai ir studentai. Visų jų tikslas – Lietuvos nepriklausomybės atgavimas karo pabaigoje. Nacistinės Vokietijos administracijos keturis kartus skelbta mobilizacija į SS dalinius nepavyko. Prie to prisidėjo lietuvių pogrindžio veikla. Okupacinė nacistinės Vokietijos valdžia juto, kad ryžtingam pasipriešinimui vadovauja lietuvių inteligentija, todėl 1943 m. kovo 16 d. vokiečiai suėmė 46 įkaitus – mokslininkus, profesorius, visuomeninių ir politinių organizacijų atstovus, dvasininkus – ir išvežė juos į Štuthofo koncentracijos stovyklą.