Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/92619
Type of publication: research article
Type of publication (PDB): Straipsnis Clarivate Analytics Web of Science / Article in Clarivate Analytics Web of Science (S1)
Field of Science: Agronomija / Agronomy (A001)
Author(s): Mažeikienė, Ingrida;Šikšnianienė, Jūratė Bronė;Baniulis, Danas;Gelvonauskienė, Dalia;Frercks, Birutė;Starkus, Aurelijus;Žebrauskienė, Audronė;Stanys, Vidmantas
Title: SSR analysis based on molecular characterisation of apple germplasm in Lithuania
Other Title: Lietuvoje paplitusių obels genotipų molekulinis apibūdinimas taikant paprastos pasikartojančios sekos analizės metodą
Is part of: Žemdirbystė = Agriculture. Akademija (Kėdainių r.), 2019, t. 106, nr. 2
Extent: p. 159-166
Date: 2019
Keywords: Identifikuotos veislės;Malus × domestica;Mikrosatelitų žymekliai;Obelų genų ištekliai;Genetic resources of apple;Identification of cultivar;Malus × domestica;Microsatellite markers
Abstract: Obelų vaismedžių išgyvenimas 100 ir daugiau metų rodo jų prisitaikymą prie vietos biotinių ir abiotinių veiksnių visumos. Tik ūkiškai vertingos veislės ilgą laiką plito tam tikrame regione arba visoje Lietuvoje. Šie augalai yra išlikę po ilgalaikės ekonominės ir ekologinės atrankos. Senų ir apleistų Lietuvos obelų sodų genetinės įvairovės struktūra yra nežinoma. Siekiant išanalizuoti naminės obels genetinių išteklių variacijos pasiskirstymą ir struktūrą, tyrimo metu panaudojus 7 paprastos pasikartojančios sekos (PPS) žymeklius, identifikuoti 292 genotipai, surinkti iš daugiau nei 50 geografinių vietovių, būdingų visiems šalies geografiniams regionams. Tirtuose obels genotipuose identifikuotas 81 polimorfinis alelis. Iš jų 5 aleliai yra unikalūs, nustatyti keturiuose atskiruose genotipuose. Obels veislės ir genotipai dažniausiai buvo homozigotiniai COL lokuse (44,7 %). Žinomos heterozigotinės obels veislės dažniausiai buvo CH02c11 lokuse (90,0 %), o nežinomi obels genotipai – CH04e05 lokuse (84,4 %). Tarp nežinomų obels genotipų nustatyta 12,5 % triploidų. Panaudojus žymeklių duomenis, 45 genotipams buvo priskirti 12 žinomų veislių pavadinimai. Nustatyta, kad senuose soduose labiausiai paplitusios yra obelų veislės ‘Popierinis’, ‘Paprastasis antaninis’, ‘Lietuvos pepinas’ ir ‘Pilkasis molinis’. Senuosiuose soduose augančių obelų genotipai yra unikalūs selekciniu, ekologiniu, ekonominiu ir paveldosauginiu atžvilgiu. Jų panaudojimas obels selekcinėse programose reikšmingai praplėstų adaptyvumo genų įvairovę
The survival of apple trees in old and abandoned orchards over 100 years indicates their adaptation to the local environment. These plants have passed an economic and ecological selection over the years. The structure of genetic diversity of apple germplasm in the old orchards of Lithuania is largely unknown. We applied a common set of 7 simple sequence repeat (SSR) markers to genotype 292 accessions across more than 50 geographic locations representing all Lithuanian geographic regions with the aim of analysing the distribution and structure of variation of the apple genetic resources. Eighty-one polymorphic alleles were identified. Of these, 5 alleles were unique, identified only in four individual genotypes. The COL locus was the most homozygous (44.7%) among the cultivars and clones of the apple; however, the part of the germplasm may be heterozygous for null-alleles and those individuals cannot be distinguished from the homozygous ones. The CH02c11 locus was the most heterozygous (90.0%) in the reference cultivars; meanwhile the CH04e05 locus was the most heterozygous (84.4%) among the analysed genotypes. Triploid genotypes constituted 12.5% among the analysed genotypes. A cluster analysis revealed 5 distinct clusters among the 182 diploid apple genotypes collected from the old orchards. According to molecular marker data, the names of 12 apple cultivars were attributed to 45 analysed unknown genotypes. It was found that traditional apple cultivars ‘Popierinis’, ‘Paprastasis antaninis’ and ‘Pilkasis molinis’ were the most prevalent cultivars in the old orchards. The apple genotypes that have survived in old orchards are valuable sources of traits for breeding as well as of high ecological, economic and heritage importance. Their use in breeding programs would significantly extend the diversity of adaptive genes of the domestic apple
Internet: https://www.vdu.lt/cris/bitstream/20.500.12259/92619/2/ISSN1392-3196_V_106.N_2.P_159-166.pdf
https://hdl.handle.net/20.500.12259/92619
https://doi.org/10.13080/z-a.2019.106.021
Affiliation(s): Agronomijos fakultetas
Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro Sodininkystės ir daržininkystės institutas
Vytauto Didžiojo universitetas
Appears in Collections:1. Straipsniai / Articles
Universiteto mokslo publikacijos / University Research Publications

Files in This Item:
marc.xml12.39 kBXMLView/Open

MARC21 XML metadata

Show full item record
Export via OAI-PMH Interface in XML Formats
Export to Other Non-XML Formats


CORE Recommender

WEB OF SCIENCETM
Citations 5

3
checked on Jun 6, 2021

Page view(s)

90
checked on Jun 6, 2021

Download(s)

31
checked on Jun 6, 2021

Google ScholarTM

Check

Altmetric


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.