Paupių kai kurių žolinių augalų rūšių molekulinių tyrimų metodinės paieškos

Abstract

Nemaža dalis į sausumą išmestų teršalų yra išplaunami ir nunešami į ežerus bei upes. Akivaizdu, kad upių ir jų pakrančių augalija patiria nepalankų cheminį poveikį, kurį sustiprina fizinė žmogaus skvarba. Duomenys apie Lietuvos vandens augalų būklę nėra gausūs. Šiuolaikiniuose augalų įvairovės tyrimuose greta morfologija, fiziologija pagrįstų vertinimo būdų plačiai taikomi molekulinės biologijos metodai, naudojant DNR žymenis. Pirmas žingsnis taikant šiuos žymenis, yra kokybiškos DNR išskyrimas. Žemės ūkio auginamų augalų rūšių DNR išskyrimo metodai yra labai ištobulinti ir nuodugniai aprašyti. Natūraliai augančių augalų rūšių populiacijų genetinės įvairovės tyrimai nėra gausūs ir juose aprašomi metodai dažniausiai pateikiami labai apibendrintai, be tikslesnių, išsamesnių aprašų. Tarp augalų DNR išskyrimui naudojamų būdų dažnai minimi metodai, kuriuose panaudojamas cetiltrimetilamonio bromidas (CTAB), natrio dodecilsulfatas, įvairūs paruošti gamykliniai, nežinomos sudėties rinkiniai. Darbo tikslu buvo atrinkti tinkamiausius DNR išskyrimo metodus kai kuriems Lietuvoje augantiems Cucurbitaceae, Lythraceae šeimų bei Poaceae šeimos Aveneae tribos augalams, paplitusiems Nemuno paupiuose. Pasirinktiems, neretai greta augantiems augalams, atrinkti DNR išskyrimo būdai buvo labai skirtingi

A large part of the land falling within a range of several pollutants are washed away and finally carried to lakes, streams and rivers. In addition to chemical pollution riparian vegetation is affected by severe human physical penetration. Data concerning health of aquatic plants are not abundant in Lithuania. In addition to traditional assessment based on morphology, physiology, modern plant diversity studies include molecular genetics techniques, where markers of the nucleus, chloroplast or mitochondrial DNA are employed. The first step in the application of these markers is extraction of high quality DNA. DNA extraction methods are perfectly developed and thoroughly described for cultivated plant species, their varieties. Population studies concerning genetic diversity of naturally growing plant species are not numerous. In many cases DNA extraction methods for these plants are presented in very general way, without more detailed methodological descriptions. The most frequently mentioned methods for plant DNA extraction are techniques employing cetyltrimethylammonium bromide, sodium dodecyl sulfate and big variety of ready-use DNA extraction kits of unknown composition. Our study is aimed at selection of DNA extraction methods for some naturally growing riparian plant species of Cucurbitaceae, Lythraceae and Poaceae (Aveneae tribe) spread in Nemunas basin. For several species selected the most efficient DNA extraction methods were different despite close vicinity of habitats