Application of microsatellite DNA primers for the analysis of the genetic variability of Lithuanian native goose breeds
| Author | Affiliation | |
|---|---|---|
LT | ||
LT | ||
Sruoga, Aniolas | Vilniaus universiteto Ekologijos institutas | LT |
| Date |
|---|
2006 |
Darbo tikslas buvo įvertinti specifinių mikrosatelitinių pradmenų panaudojimo laukiniams vandens paukščiams galimybę, siekiant nustatyti lietuviškų vietinių žąsų veislių (Vištinių ir Skarulių) bei jų hibridų (Vietinių mišrūnų) genetinę įvairovę. Palyginimui į analizę buvo įtraukta ir laukinių baltakakčių žąsų rūšis. Mikrosatelitinės DNR analizė buvo atlikta panaudojant 11 mikrosatelitinių pradmenų, iš kurių keturi buvo informatyvūs: Sfimu1 (kai kurioms laukinėms vandens paukščių rūšims specifinis pradmuo), TTUCG-1, TTUCG-2 ir TTUCG-4 (Kanadinių berniklių rūšiai specifinis pradmuo). Buvo nustatyta, jog tirtus laukinių vandens paukščių pradmenis galima naudoti baltakakčių žąsų rūšies bei lietuviškų vietinių žąsų veislių (Vištinių ir Skarulių), taip pat hibridų mikrosatelitinės DNR analizei. Taip pat nustatyta kad, dėl PGR produkto monomorfiškumo TTUCG-1 pradmuo netinka viduveislinei Skarulių ir Vištinių žąsų mikrosatelitinės DNR analizei. Nustatyta, kad nesant amplifikacijos produkto TTUCG-4 pradmuo netinka Vietinių mišrūnų mikrosatelitinės DNR analizei.
The aim of our study was to assess the use of waterfowl species specific primers in order to detect polymorphism in Lithuanian native geese breeds (Vištinės, Skarulės and Vištinės-Skarulės hybrids – Native Mixed). Also, the White-fronted geese species was investigated for comparison. The microsatellite DNA analysis was carried out using 11 microsatellite primers from which only 4 gave a positive PCR product: Sfimu1 (some wild waterfowl species specific marker), TTUCG-1, TTUCG-2, TTUCG-4 (Canada geese specific marker). According to our data, it is possible to use wild waterfowl specific microsatellite DNA markers for a comparative microsatellite DNA analysis of the White-fronted geese species and 2 Lithuanian breeds (Vištinės and Skarulės), and their hybrids (Native Mixed) were obtained by interbreeding these breeds. We found that the TTUCG-1 primer, due to monomorphic PCR products, was not suitable for the population analysis of Skarulės and the Vištinės geese breeds. Due to the absence of the amplified product, the TTUCG-4 primer is not suitable for hybrid geese microsatellite DNA analysis.