Ribes veislių ir rūšių atsparumas juodojo serbento reversijos virusui ir serbentinei erkutei
Magistro baigiamajame darbe pateikiami juodojo serbento reversijos viruso genomo, filogenetinių tyrimų bei atsparumo šiam virusui ir jo vektoriui – serbentinei erkutei, vizualių, in vitro ir molekulinių vertinimų duomenys. Darbo objektas – juodojo serbento reversijos virusas, juodojo serbento veislės: 'Aldoniai', 'Dainiai', 'Domino', 'Gojai', 'Katiuša', 'Minaj Šmyriov', 'Ritmo', 'Senjorai', 'Smaliai', 'Tauriai', 'Titania', 'Vernisaž', 'Viktor' ir rūšys: R. americanum, R. pauciflorum, R. uva-crispa. Darbo metodai: BRV virusas nustatytas infekuotos veislės 'Gojai' lapuose PCR metodu. Amplifikuoti viruso kDNR fragmentai liguoti į vektorių ir atlikta jų sekoskaita. Nuskaitytos reversijos viruso sekos palygintos tarpusavyje LALIGN programa, su kitų šalių šio viruso sekomis – Clustal W programa. Mikroūgliai inokuliacijos tyrimui išauginti iš sterilintų vegetatyvinių pumpurų, įvestų į in vitro kultūrą ir padaugintų modifikuotoje MS terpėje. Karborundo milteliais pažeisti mikroūglių lapai infekuoti 2 μl 7,5 pH inokuliacijos buferiu. BRV viruso detekcija vykdyta PCR metodu po 15 parų. Molekulinių žymeklių paieška atlikta PCR ir AFLP metodais, naudojant mikroūglių DNR, išgrynintą modifikuotu CTAB metodu. Darbo rezultatai. Nustatyta, kad veislė 'Gojai' yra infekuota dviem juodojo serbento reversijos viruso atmainomis, kurios tarpusavyje identiškos 97,2 %. Lietuvoje identifikuoti viruso izoliatai sukelia R formos reversijos ligą. Inokuliacijos buferio gamybai panaudojus infekuotos veislės 'Gojai' lapus, nustatyta, kad viruso RNR inokuliate išlieka stabili iki 9 parų, laikant 4 °C temperatūroje. Mechaniškai krečiant tirtų veislių ir rūšių mikroūglius tokiu inokuliatu 14,29 % veislių užsikrėtė, 85,71 % – liko sveikos. Universalus atsparumo molekulinis žymeklis visiems tirtiems Ribes spp. genotipams nebuvo rastas. Molekulinių žymeklių E36/M59-107 ir E41/M40-222 derinys identifikuoja atsparumą serbentinei erkutei, o – SCAR Ce-130, E41/M43-179, E41/M42-388, E41/M88-280, E40/M43-236 – atsparumą reversijos virusui. Kompleksinis tyrimas septyniais molekuliniais žymekliais patikimai identifikuoja atsparias C. ribis ir juodojo serbento reversijos virusui R. nigrum veisles ir rūšis.
Master‘s thesis presents data on blackcurrant reversion virus genome, phylogenetical research, also visual, in vitro and molecular evaluation of resistance to BRV virus and its vector, i.e. gall mite. Research object: Blackcurrant reversion virus, Ribes cultivars, such as 'Aldoniai', 'Dainiai', 'Domino', 'Gojai', 'Katiuša', 'Minaj Šmyriov', 'Ritmo', 'Senjorai', 'Smaliai', 'Tauriai', 'Titania', 'Vernisaž', 'Viktor', and R. americanum, R. pauciflorum, R. uva-crispa species. Research methods: The BRV virus was detected by PCR method on the infected leaves of the cultivar 'Gojai'. The amplified cDNA fragments of the virus were ligated to the vector and sequenced. Two sequences of blackcurrant reversion virus were compared to each other by the LALIGN programme, and with virus sequences from other countries - by Clustal W programme. The microshoots for inoculation were grown from sterilized vegetative buds introduced into an in vitro culture and multiplied in a modified MS medium. The leaves of microshoots were affected with carborundum powder and infected with 2 μl 7.5 pH inoculation buffer. BRV virus detection was performed by PCR after 15 days. The molecular markers were searched by PCR and AFLP methods using DNR purified by the modified CTAB method. Research results: The cultivar 'Gojai' was determined to have been infected with two strains of blackcurrant reversion virus, which are 97.2 % identical. The isolates of the virus identified in Lithuania cause R form of reversion disease. The leaves of the cultivar 'Gojai' were used for the production of inoculation buffer in which virus RNA remained stable for up to 9 days at 4 °C. Mechanically inoculating the microshoots of Ribes cultivars and species by using such a buffer, 14.29 % of the cultivars were infected, while 85.71 % remained healthy. No specific molecular marker for the detection of genotypes with resistance to gall mite and virus among Ribes species was found. The combination of the molecular markers E36/M59-107 and E41/M40-222 identifies the resistance to the gall mite, and SCAR Ce-130, E4/M43-179, E41/M42-388, E41/M88-280, E40/M43-236 identifies resistance to reversion virus. A complex study of seven molecular markers reliably identifies R. nigrum cultivars and species which are resistant to C. ribis and the blackurrant reversion virus.