Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/93051
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija (N010) / Biology
Author(s): Amšiejūtė, Paulina
Title: Bartonella spp. genetinė įvairovė graužikuose
Other Title: Genetic variability of Bartonella spp. in rodents
Extent: 64 p.
Date: 22-May-2019
Keywords: Bartonella spp.;Graužikai;Rodents;Lietuva;Lithuania;Genotipai;Genotypes
Abstract: Ekosistemoje graužikai atlieka labai svarbų vaidmenį, kadangi yra vieni pagrindių įvairių infekcinių ligų sukėlėjų rerservuariniai šeimininkai. Remiantis paskutiniais duomenimis, daugiau nei 15 Bartonella spp. buvo nustatyta smulkiuosiuose graužikuose ir bent 6 iš jų yra siejamos su įvairiomis žmonių ligomis. Šio tyrimo tikslas buvo nustatyti smulkiųjų graužikų užsikrėtimą Bartonella spp. bakterijomis ir įvertinti Bartonella padermių genetinę įvairovę pasitelkiant multilokusinę sekų analizę. Tyrimo metu ištirti 326 blužnų mėginiai, kurie buvo išskirti ir septynių smulkiųjų graužikų rūšių (A.flavicollis, A.agrarius, M.minutus, M.glareolus, M.oeconomus, M.agrestis, M.musculus), sugautų Lietuvoje, 2015-2016 metais. Užsikrėtimui Bartonella spp. nustatyti buvo naudojamas ssrA geno žymuo ir atliekama tikro laiko polimerazės grandininė reakcija (TR-PGR). Bartonella padermių genetinei įvairovei įvertinti buvo naudojami du ,,namų ruošos (housekeeping) genai“ (groEL, rpoB) ir 16S-23S rRNR vidinis transkribuojantis regionas (internal transcribed spacer; ITS). Bartonella patogenai buvo nustatyti 138 (42 %) individuose. Filogenetinės analizės metu buvo nustatytos šešios Bartonella rūšys, B.grahamii, B.rochalimae ir B.tribocorum, žinomos kaip žmogui patogeniškos, bei B.taylorii, B.coopersplainsensis ir B.doshiae, kurių patogeniškumas žmogui nėra nustatytas. B.grahamii ir B. taylorii sekos buvo heterogeninės. Trijų žymenų filogenetinė sekų analizė parodė, kad B.taylorii ir B.grahamii padermės pasižymi dideliu variabilumu. RpoB geno analizės metu aptikta penkiolika B.taylorii ir keturi B.grahamii genotipai. ITS regiono sekų analizė parodė keturis B.grahamii ir šešis B.taylorii genotipus sugautuose graužikuose. GroEL geno sekų analizės metu skirtingų rūšių graužikuose buvo nustatyti du B.grahamii genotipai. Skirtingos B.grahamii ir B.taylorii padermės buvo identifikuotos tiek skirtingų, tiek tų pačių rūšių Lietuvos graužikuose. Didelis graužikų užsikrėtimas žmogui patogeniškomis ir kitomis Bartonella rušimis, kurių patogeniškumas dar nėra nustatytas bei šių bakterijų padermių genetinis variabilumas – yra žmonių užsikrėtimo rizikos veiksniai jau žinomomis bei dar nenustatytomis bartonelų sukeliamomis infekcijomis ir parodo tolimesnių tyrimų svarbą.
In the ecosystem rodents play an important role as they are the main carriers or reservouir of various infectious diseases causative agents. According to the latest data, more than 15 Bartonella spp. have been detected in small rodents and at least 6 of them are associated with human diseases. The aim of our study was to investigate the presence and genetic diversity of Bartonella strains in small rodents using multilocus sequence analysis. We analysed 326 spleen samples, obtained from seven small rodent species (A.flavicollis, A.agrarius, M.minutus, M.glareolus, M.oeconomus, M.agrestis, M.musculus), trapped in Lithuania during 2015–2016. The presence of Bartonella DNA was detected by using real-time PCR targeting the ssrA gene. Characterization of genetic diversity of Bartonella strains were based on sequences analysis of two housekeeping genes (groEL, rpoB) and the 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ITS). Bartonella pathogens were detected in 138 (42 %) individuals. Phylogenetic analysis of Bartonella isolates demonstrated the presence of six genetically different clades associated with human pathogenic B.grahamii, B.rochalimae and B.tribocorum species, and other species B.taylorii, B.coopersplainsensis and B.doshiae which pathogenicity to humans is still unknown. Bartonella strains belonged to B.grahamii and B.taylorii clades were heterogenic. Phylogenetic analysis based on each of the targets demonstrated high variability of B.taylorii and B.grahamii strains between different and either same rodent species of Lithuania. Sequences analysis of groEL gene revealed presence of two B.grahamii strains in different rodents species, analysis of rpoB gene revealed presence of fifteen B.taylorii strains and four B.grahamii strains and sequences analysis of ITS region demonstrated presence of four B.grahamii and six B.taylorii strains in captured rodents. The frequent distribution and high genetic diversity of Bartonella species in rodents suggests that they may contribute to unidentified clinical infections, that shows the importance of further investigations.
Internet: https://hdl.handle.net/20.500.12259/93051
Affiliation(s): Gamtos mokslų fakultetas
Appears in Collections:2019 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
Paulina_Amsiejute_md.pdf2.01 MBAdobe PDF   Until 2021-06-01View/Open

Show full item record

Page view(s)

50
checked on Nov 5, 2019

Download(s)

4
checked on Nov 5, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.