Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/36486
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biochemija / Biochemistry
Author(s): Urbonaitė, Gabrielė
Title: Kiekybinio PGR taikymas HeLa RNA kokybės įvertinimui
Other Title: Application of quantitative PCR method for HeLa RNA quality evaluation
Extent: 59 p.
Date: 25-May-2018
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Kiekybinis PGR/ qPCR;Kapiliarinė elektroforezė/ capillary electrophoresis;Mikrogardelės/ microarray
Abstract: Kiekybinis PGR metodas yra vienas iš pagrindinių molekulinės biologijos metodų, naudojamų nukleorūgščių fragmentų padauginimui ir susidariusio produkto kiekybiniam įvertinimui. Tyrimo tikslas: pritaikyti kPGR metodą HeLa RNR kokybės įvertinimui, atliekant pasirinktų dviejų genų fragmentų padauginimą. Tyrimo tikslui pasiekti buvo suformuluoti tokie uždaviniai: išanalizuoti literatūrą apie mikrogardelių, kapiliarinės elektroforezės ir kiekybinio PGR metodą; aprašyti pradmenims, buferiams ir fermentams keliamus reikalavimus kiekybiniam PGR metodui; sukurti pradmenis komplementarius pasirinktiems genams, esantiems HeLa RNR; patikrinti HeLa RNR kokybę mikrogardelių, kapiliarinės elektroforezės bei atvirkštinės transkriptazės kiekybiniu PGR metodu; palyginti metodų jautrumus bei tinkamumą HeLa RNR kokybės įvertinimui. Tyrimo objektu pasirinkta chromatografiškai išgryninta HeLa RNR. Šiuo metu išgrynintos HeLa RNR kokybės įvertinimas užtrunka tris darbo dienas. Siekiant sutrumpinti tyrimo laiką, išlaikant tokį patį testo jautrumą, nuspręsta pritaikyti kPGR metodą, kurio trukmė 1 – 4 val. Tyrimo metu sukurtos kelios pradmenų poros, specifinės HeLa genų fragmentams. Atvirkštinės transkriptazės kPGR-ui parinktas pradmenų kiekis, optimali prilydimo reakcijos temperatūra bei reakcijos mišinio kompozicija. Kiekybiškai ir kokybiškai įvertinti kPGR metu susidarę produktai. Tyrimo rezultatai parodė, kad taikytas kPGR metodas yra tinkamas HeLa RNR kokybės įvertinimui.
Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) is one of the main molecular biology methods used to multiply the desired fragment of nucleic acids and evaluate the amount of the product by using fluorescent markers. The goal of this study is to apply quantitative PCR method to assess the quality of HeLa RNR by performing amplification of two selected gene fragments. In order to achieve the goal of the research the following tasks were formulated: analyse the literature about microarray analysis, capillary electrophoresis and qPCR methods; describe the requirements for primers, buffers and enzymes; develop primers which are complementary to selected genes of HeLa RNA; verify the quality of RNA by microarray, capillary electrophoresis and reverse transcriptase quantitative PCR methods; compare the sensitivity and suitability of the methods for assessing HeLa RNA quality. Chromatographically purified Hela RNA has been used as an object for this research. Currently, the quality evaluation of purified HeLa RNA takes 3 working days to complete. In order to shorten the quality test while keeping the same sensitivity of the test, the qPCR method, which takes only 1 – 4 hours, was applied. During the research complementary primers for selected genes have been created. qPCR was optimized by determining the right amount of primers, optimal temperature of the reaction and the composition of reaction mixture. Test results show that developed qPCR method is suitable and can be used for evaluation of HeLa RNA quality.
Internet: https://hdl.handle.net/20.500.12259/36486
Appears in Collections:2018 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
gabriele_urbonaite_md.pdf1.02 MBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

94
checked on Oct 14, 2019

Download(s)

20
checked on Oct 14, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.