Rickettsia helvetica ir Rickettsia raoultii gltA geno sekų analizė

Abstract

Rickettsia helvetica ir Rickettsia raoullti yra viduląstelinės gramneigiamos bakterijos galinčios sukelti ligas. Artropodai tokie, kaip erkės ir blusos yra dažniausi riketsijų vektoriai. Stambesni žinduoliai, o taip pat ir paukščiai, prisideda prie Rickettsia platinimo patys pernešdami infekuotas erkes. R. helvetica yra įtariama galinti sukelti miokarditą, o R. raoultii yra įrodyta ir pripažinta TIBOLA/DEBONEL sukėlėja. Šiame darbe yra lyginamos R. helvetica gltA geno sekos su R. raoultii gltA geno sekomis. Taip pat analizuojamos R. helvetica gltA geno sekos lyginant pagal skirtingus šeimininkus. Sekoms palyginti pasitelktas duomenų analizės metodas, naudojant programinę įrangą „MEGA 7“ filogenetinei analizei ir variabiliems nukleotidams sekose nustatyti, bei „BioEdit“ naudota gltA geno sekų kompoziciniams tyrimams. Darbo metu nustatyta, jog visose analizuotose geno sekose dominavo adeninas, bei timinas. R. helvetica ir R. raoultii sekas pagal gltA geną skiria bent 12 variabilių nukleotidų. Taip pat pastebėtas galimas nukleotidų variabilumo priklausymas nuo geografinės padėties.

Rickettsia helvetica and Rickettsia raoultii are intracellular gram-negative bacteria capable of causing diseases. Arthropods such as ticks and mites are the main vectors of Rickettsia. Mammals as well as birds contribute to the spread of Rickettsia by carrying infected ticks over large distances. R. helvetica is suspected to potentially cause myocarditis and R. raoultii has been proven to cause TIBOLA/DEBONEL. This study analyses R. helvetica gltA gene sequences with R. raoultii gltA gene sequences. Moreover R. helvetica gltA gene sequences are analyzed comparing them by different hosts. Data analysis method was used to analyse sequences. For phylogenetic analysis and variable nucleotide sites determination, “MEGA 7” software was used and for gltA gene composition analysis “BioEdit” software was applied. The results showed that in all sequences that were being analyzed, adenine and thymine were the most abundant bases. R. helvetica and R. raoultii gltA gene sequences differ by at least 12 variable sites. Also a possible nucleotide variability by geographical region was noticed.