HSP90 suspaudžiamumo tyrimai molekulinės dinamikos simuliacijų metodais

Abstract

HSP90 human protein, is a heat shock protein, which assists in proper protein folding and natural comformity support, thus correct suppression of certain proteins, can be benefical against certain ilnesses, such as cancer. In this research, using computer simulation methods, protein mollecule dynamics were simulated under 1 bar, 1000 bar and 6000 bar pressure. It also includes analysis of volume, density and aminoacids stability dynamics, and protein compressability measures. The results show, that increasing pressure of a protein density volume decreases, but density rises, due to decrease of cavities. After investigating aminoacids stability dynamics in different pressures, these types of amino acids were distinguished: LYS74, LYS112, ARG201, PHE37, PHE118, PHE213, GLU178, ILE218, GLY168 and SER68. As the pressure increases, their atoms change their positions, thus it is possible to state, that their pressure is biggest and stability is smallest. HSP90 human protein compressibility is 0.0073 Mpa. This signification suggests, that the proteins pressure is ample.

HSP90 žmogaus baltymas, yra šiluminio šoko baltymas, kuris dalyvauja taisyklingame baltymų susilankstyme ir natūralios jų konformacijos palaikyme, todėl tikslingas kai kurių baltymų slopinimas, gali būti naudingas, gydant tam tikras ligas, vėžį. Tyrimo metu, naudojant kompiuterinių simuliacijų metodus, buvo atliktos baltymo molekulinės dinamikos simuliacijos 1 bar, 1000 bar ir 6000 bar slėgiuose, išanalizuotos tūrio, tankio ir aminorūgščių stabilumo dinamikos bei nustatytas baltymo suspaudžiamumas. Tyrimo rezultatai parodė, kad didinant slėgį baltymo tūris mažėja, o tankis didėja, nes sumažėja ertmių tūris. Ištyrus aminorūgščių stabilumo dinamiką skirtinguose slėgiuose, išskirtos šios aminorūgštys: LYS74, LYS112, ARG201, PHE37, PHE118, PHE213, GLU178, ILE218, GLY168 ir SER68. Didėjant slėgiui, jų atomai keičia savo pozicijas, todėl galima teigti, kad jų spūdumas didžiausias ir stabilumas mažiausias. HSP90 žmogaus baltymo suspaudžiamumas yra 0.0073 MPa. Ši reikšmė parodo, kad baltymo spūdumas yra didelis.