Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/36330
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Ramonienė, Edita
Title: Molekulinių žymenų metodinė paieška ir jų pritaikymas paprastosios raudokės (Lythrum salicaria L.) Nemuno baseino populiacijų genetinės įvairovės tyrimams
Other Title: Methodological selection of molecular markers and their application to the genetic diversity analysis of the Lythrum salicaria L. populations of Nemunas basin
Extent: 56 p.
Date: 25-May-2018
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: cpDNR;rDNR;Paprastos kartotinės sekos;Genetinė įvairovė;cpDNA;nrDNA;Microsattelite (SSR);Genetic diversity;AFLP
Abstract: Paprastoji raudoklė – Europoje natūraliai auganti augalų rūšis, kurios augimo buveinės apima upių ir kitų vandens telkinių pakrantes. Paprastoji raudoklė pasižymi savitomis savybėmis – tai vaistinis augalas, turintis daug antrinių metabolitų, taip pat yra svarbus dirvožemio druskingumo rodiklis, o Jungtinėse Amerikos Valstijose ir Kanadoje ši rūšis yra invazinė. Dėl invazijos problemos paprastosios raudoklės populiacijos genetiškai tirtos tik JAV pagal pagausintų fragmentų ilgio polimorfizmo žymenis, o Europoje rūšis genetiškai tirta labai mažai. Šiuo darbu siekiama praplėsti genetinių tyrimų temą paprastosios raudoklės populiacijoms, kurios surinktos Lietuvoje ir kai kuriose Europos šalyse. Iškeltas tikslas - surasti ir atrinkti tinkamiausius pagausintų fragmentų ilgio polimorfizmo, paprastųjų kartotinių senų, chloroplastinės DNR ir ribosominės DNR žymenis ir pritaikymo sąlygas paprastosios raudoklės populiacijų genetinės įvairovės tyrimams atlikti. Rezultatai parodė, kad iš išbandytų 12 porų paprastųjų kartotinių sekų (PKS) pradmenų, kurie anksčiau taikyti paprastajam granatmedžiui, nė vienas pradmuo tirtomis sąlygomis ir reagentais netiko paprastosios raudoklės populiacijoms. Pritaikius universalius ribosominės DNR pradmenis paprastajai raudoklei, buvo gauti teigiami rezultatai. Pradmenys pasirinkti atlikti raudoklės individų sekoskaitą. Ištyrus 13 porų chloroplastinės DNR pradmenų, kurie originaliai sukurti bitinės sprigės, nendrinio dryžučio ir paprastojo agurko individams analizuoti, paprastosios raudoklės individams tiko tik 6 poros pradmenų. Su tinkamais cpDNR pradmenimis taip pat vykdoma raudoklės sekoskaita. Iš ištirtų 6 fluorescuojančių pagausintų fragmentų ilgio polimorfizmo žymenų paprastosios raudoklės populiacijoms geriausiai tiko EAGC-6-FAM žymuo, o kiti buvo neinformatyvūs arba silpnai veikė.
Purple loosestrife (Lythrum salicaria L.) naturally occurs in Europe near the riverbanks and water ponds. L. salicaria has very important characteristics – this plant is using for medical purposes and has many secondary metabolites, also it is important indicator of soil salinity, and as well as it is invasive in United States and Canada. For this reason, only in USA L. salicaria populations tested genetically with amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers, meanwhile data concerning genetic diversity of this species in Europe are very limited. The aim of this work is to broaden the topic of genetic research to L. salicaria populations collected in Lithuania and in some European countries. The main aim is to select and verify most suitable AFLP, simple sequence repeats (SSR), chloroplastic DNA (cpDNA) and ribosomal DNA (nrDNA) markers, and their application conditions for L. salicaria genetic diversity studies. The results showed that tested 12 SSR primer pairs, which are used previously for Punica granatum populations, had not show any positive amplification for L. salicaria populations with certain conditions and reagents used. 2 pairs of universal nrDNA primers were used for L. salicaria, and both of them demonstrated positive results. These primers are used for L. salicaria individual sequencing. There were tested 13 pairs of cpDNA primers, which originally developed for other plant species (Impatiens glandulifera, Phalaris arundinaceae and Cucumis sativus), but only 6 primer pairs were applicable for L. salicaria individuals. According to AFLP analysis, EAGC-6-FAM fluorescent marker was the most suitable for L. salicaria populations, meanwhile others were non-informative or weakly active.
Internet: https://hdl.handle.net/20.500.12259/36330
Appears in Collections:2018 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
edita_ramoniene_md.pdf1.33 MBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

52
checked on Oct 14, 2019

Download(s)

4
checked on Oct 14, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.