Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/35597
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Pradhan, Bhaskar
Title: Expressing fluroscent surface proteins in staphylococcus epidermidis
Other Title: Išreikšti fluorescuojančius paviršinius baltymus stafilokokų epidermidizme
Extent: 58 p.
Date: 10-Jan-2018
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Green Fluorescent protein;Extra cellular matrix binding protein;Plasmid;Polymerase chain reaction;Žalias fluorescuojantis baltymas;Ekstraląsteline matricas surišantis baltymas;Polimerazės grandininė reakcija;Plazmidė
Abstract: Staphylococcus epidermidis is considered one of the most frequent leading causes of nosocomial infections competing in rank with Staphylococcus aureus, its more virulent cousin. These bacteria, commonly found in normal human flora, typically the skin flora, and less commonly the mucosal flora, although, S. epidermidis is not usually pathogenic, patients with compromised immune systems are at risk of developing infection and form pathogenic communities resistant to normal antibiotics therapy. Their ability to form a protective matrix, called a biofilm, allows the community to grow on surfaces and eventually disperse, with supervised interference from the outside. The biofilm formation is believed to be mediated by the cell surface proteins which are responsible for cell adhesion, with focus on the Extracellular matrix binding protein (Embp) that has been directly recognized as a virulence switch. Embp is a large surface protein produced in many S. epidermidis strains. The protein appears to be important for biofilm formation, and studies have indicated that it interacts with fibronectin, and is therefore likely to be important for host colonization during infection. Little is known about the control of Embp expression, if Embp strictly locates to the cell surface or whether it is detached from the surface (e.g. by proteolytic cleavage). The green fluorescent protein (GFP) sequence was inserted after the signal peptide (C terminal) and before the stop codon (N terminal) on the Embp sequence in parallel, by first building an insert DNA sequence (about 400 bp complementary to before and after the site of insertion with the GFP sequence in the middle) through a series of PCR, followed by integration into the pIMAY shuttle plasmid (the GFP construct), an intermediary step of E. coli DC10B transformation, and S. epidermidis 14.1.R1 strain transformation. This study aims to tag Embp with GFP which will establish a track for the investigation of this protein during biofilm formation.
Staphylococcus epidermidis yra viena iš dažniausių pagrindinių hospitalinių infekcijų priežasčių, pagal paplitimą prilygstantis labiau pavojingam giminaičiui - Staphylococcusaureus. Šios bakterijos, dažniausiai randamos įprastoje žmogaus floroje, dažniausiai odos floroje ir rečiau gleivinių floroje. Nors S. epidermidis paprastai nėra patogeniškas, pacientams, kurių imuninė sistema yra nusilpusi, kyla pavojus užsikrėsti, o S. epidermidžio bakterijos pradeda formuoti patogeniškas bendruomenes, atsparias normalioms antibiotikų terapijoms. Jų sugebėjimas sukurti apsauginę matricą-sluoksnį, vadinamą biofilmu, leidžia bendruomenei augti ant paviršių ir ilgainiui paplisti, priklausomai nuo išorinių poveikių.Manoma, kad biofilmų formavimąsi skatina ląstelės paviršiaus baltymai, kurie yra atsakingi už ląstelių sukibimą. Manoma, kad tam didžiausią įtaką turi ekstraląstelinės matricos surišantis baltymas (Embp), kuris šiuo metu laikomas, kaip virulentiškumo jungiklis. Embp yra didelis paviršinis baltymas, gaminamas daugelyje S. epidermidis padermių. Embp baltymas yra svarbus biofilmų formavimuisi, o tyrimai parodė, kad jis sąveikauja su fibronektinu, todėl gali būti svarbus infekcijos metu kolonizuojant šeimininkus. Mažai žinoma apie Embp raiškos reguliaciją. Neaišku ar Embp griežtai lokalizuojasi ląstelių paviršiuje, ar jis atskiriamas nuo ląstelių paviršiaus (pvz., proteolitiniu atskilimu).Žalia fluorescuojančio baltymo (GFP) seka buvo įterpiama Embp sekoje po signalinio peptido (C terminale) prieš stop kodoną (N terminale). Pirmiausia buvo įterpiama DNR seka (maždaug apie 400 bp, prieš ir po GFP koduojančios sekos) naudojant PGR, po to šią seką įterpiant į pIMAYplazmidę, taip gaunant GFP konstruktą, kuriuo buvo transfekuojamos tiek E. coli DC10B bakterijos, tiek ir S. epidermidis 14.1.R1 padermės bakterijos. Šio tyrimo tikslas - pažymėti "Embp" su GFP, leidžiančiu įvertinti biofilmų formavimosi efektyvumą.
Internet: https://hdl.handle.net/20.500.12259/35597
Appears in Collections:2018 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
bhaskar_pradhan_md.pdf2.26 MBAdobe PDF   Until 2023-01-10View/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

48
checked on Oct 14, 2019

Download(s)

4
checked on Oct 14, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.