Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/34841
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Navickaitė, Diana
Title: Apvaliųjų kirmėlių (Nematoda) molekulinis identifikavimas
Other Title: Molecular identification of Nematodes
Extent: 69 p.
Date: 24-May-2017
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Apvaliosios kirmėlės;Nematoda;Molekulinis identifikavimas;Molecular identification;Nematode
Abstract: Šio tyrimo tikslas – ištirti geltonkaklių pelių (Apodemus flavicollis) ir rudųjų pelėnų (Myodes glareolus) helmintus, bei atlikti Trichuris sp. rūšinę identifikacija molekuliniais metodais Juodkrantės pilkųjų garnių ir didžiųjų kormoranų kolonijos teritorijoje. Geltonkaklės pelės buvo dominuojančios šioje teritorijoje. Pelės ir pelėnai sugauti mušamaisiais spąstais Juodkrantėje, 2013 metų rugsėjo – spalio mėnesiais. Helmintologiškai ištirtos abiejų lyčių, trijų amžiaus grupių 46 geltonkaklės pelės ir 27 rudieji pelėnai. Buvo naudojamas visų vidaus organų helmintologinio tyrimo metodas. Rasti helmintai fiksuojami 70% etilo alkoholyje. Nematodams daromi laikinieji vandens – glicerino preparatai. Geltonkaklėse pelėse buvo identifikuoti Syphacia sp., Cestoda g. sp., Trichuris sp., Heligmosomoides sp., Syphacia stroma. Ruduosiuose pelėnuose identifikuoti Syphacia sp., Trichuris muris, Heligmosomoides sp., Syphacia stroma. Geltonkaklėse pelėse didžiausias vidutinis gausumas Syphacia sp. (A=13,8) nematodų. Ruduosiuose pelėnuose didžiausias vidutinis gausumas Syphacia sp. ir Heligmosomoides sp. (A=0,7) nematodų. Didžiausias invazijos ekstensyvumas abiejose populiacijose yra Heligmosomoides sp. nematodų: geltonkaklėse pelėse (P=78%), ruduosiuose pelėnuose (P=15%). Dauguma helmintų šeimininkuose buvo pasiskirstę agreguotai (s2/A>1). DNR buvo išskirta iš 23 nematodų naudojant “DNA Mini Kit” (Qiagen, Vokietija). Kai individe nėra aptinkami nematodų patinėliai, DNR yra skiriama iš patelės galvos. Dalis mtDNR citochromo oksidazės (COXI) geno (1143 bp) buvo amplifikuojama naudojant Trichuris_COXI_F: CAGGAAATCACA –AAAAAATTGG, Trichuris_COXI_R: GAAAGTGTTG – GGGYAKAAAAGTTA pradmenis. rDNR ITS1-5,8S-ITS2 (969 to 976 bp) regionas buvo amplifikuojamas naudojant NC5 ir NC2 pradmenis. PGR reakcija atlikta naudojant “QIAGEN Multiplex PCR Kit” (Qiagen, Germany). Po sekvenavimo gautos 21 mtDNR COXI ir 23 rDNR ITS1-5,8S-ITS2 sekos.
The aim of this study was to examine helminths of yellow–necked mice, bank voles and to identify Trichuris sp. nematodes, trapped in the territory of the breeding colony of great cormorants and its surroundings. Mice and voles were snap–trapped in Juodkrantė, Lithuania in autumn season of 2013. 46 Yellow–necked mice and 27 bank voles of both sexes and three age groups were investigated helminthologically. Method used – total helminthological dissection of individual organs (intestines, stomach, liver and body cavity were examined). The helminths found were fixed in 70% ethanol. Temporary water glycerin preparations of nematodes were made. Helminths Trichuris sp., Syphacia stroma, Syphacia sp., Heligmosomoides sp., Cestoda sp. were identified from yellow–necked mice. Bank voles were infected with Trichuris sp. and Syphacia sp., Heligmosomoides sp., Syphacia stroma nematodes. Syphacia sp. in yellow–necked mice had the highest mean abundance (A=13,8), in bank voles Syphacia sp., and Heligmosomoides sp. had the highest mean abundance (A=0,7). Heligmosomoides sp. had the highest prevalence in both: yellow–necked mice (P=78%) and bank voles (P=15%). In many cases the distribution of the helminths among populations of hosts was aggregated (s2/A>1). DNA was extracted from 23 Trichuris sp. nematodes using the “DNA Mini Kit” (Qiagen, Germany). When no males were available DNA was isolated from the upper part of a female body (stichosome) to avoid extracting the DNA from eggs contained in the posterior part of the body. A portion of the mitochondrial cytochrome oxidase I (COXI) gene (1143 bp) was amplified using newly designed primers Trichuris_COXI_F: CAGGAAATCACA - AAAAAATTGG and Trichuris_COXI_R: GAAAGTGTTG - GGGYAKAAAAGTTA. The nuclear ITS1-5,8S-ITS2 rDNA region (969 to 976 bp long) was amplified using NC2 and NC5 primers. For PCR reactions “QIAGEN Multiplex PCR Kit” (Qiagen, Germany) was used. After sequencing 21 COXI and 23 ITS1-5,8S-ITS2 sequences were obtained.
Internet: https://eltalpykla.vdu.lt/1/34841
https://hdl.handle.net/20.500.12259/34841
Appears in Collections:2017 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
diana_navickaite_md.pdf2.22 MBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

76
checked on Oct 14, 2019

Download(s)

4
checked on Oct 14, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.