Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/34744
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Garšanovas, Arnoldas
Title: Spirochetų Borrelia garinii genomo apžvalga ir OspA geno sekų analizė
Other Title: Spirochete Borrelia garinii genome overview and OspA gene sequence analysis
Extent: 56 p.
Date: 24-May-2017
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Borelija;Sekos;Analizė;Genomas;Nukleotidai;Borrelia;Sequence;Analysis;Genome;Nucleotides
Abstract: Šiuo metu tarptautinėse duomenų bazėse randama informacijos apie įvairias Borrelia garinii genomo struktūras bei OspA geną - vieną iš labiausiai borelijų virulentiškumą lemiančių genomo dalių. Nors duomenų bazėse yra sukaupta informacijos apie skirtingų štamų Borrelia garinii OspA geno sekas, tačiau tačiau esami duomenys nėra išsamiai aptariami ir lyginami kartu su Lietuvos teritorijoje randamais Borrelia garinii genomo elementais. Kadangi nėra aišku, kokie pagrindiniai skirtumai bei panašumai randami tarp Lietuvos ir kitų geografinių teritorijų Borrelia garinii OspA geno sekų, šio darbo tikslas - išanalizuoti spirochetų Borrelia garinii genomą bei atlikti turimų OspA geno sekų palyginamąją analizę. Išsamesni Borrelia garinii OspA geno tyrimai yra svarbūs dėl šio geno analitinių ir lyginamųjų duomenų stokos. Darbo teorinėje dalyje yra atliekama mokslinės literatūros analizė – nagrinėjama informacija apie Borrelia garinii bei jos genomą. Praktinėje darbo dalyje yra tiriamos penkiasdešimties Borrelia garinii OspA genų sekos – naudojantis kompiuterinėmis programomis „BioEdit“, „Mega 7“ bei „UGENE“ atliekama OspA genų sekų palyginamoji analizė. Gauti darbo praktinės dalies, genetinio atstumo analizės rezultatai rodo, jog 25,3%, iš 1225 atliktų OspA geno sekų palyginimų, rodė visišką lyginamų sekų sutapimą (vidutinis genetinis atstumas d=0,058). Visiškas sekų sutapimas rastas tarp didelės dalies Lietuvos ir Norvegijos bei Lietuvos ir Čekijos sekų. Lietuvos ir Norvegijos OspA geno sutapimo rezultatus taip pat patvirtina filogenetinė analizė bei nukleotidų pasiskirstymo tyrimai. Lyginant Lietuvos sekas su kitų regionų (JAV, Kanados, Rusijos, Ispanijos, Slovakijos, Liuksemburgo, Vokietijos bei Vengrijos) sekomis sutapimų pastebėta nebuvo. Tarp likusių sekų didžiausias OspA geno sutapimas (98%) pastebėtas lyginant Lietuvos ir Vengrijos (4 lyginimai) bei Lietuvos ir Čekijos (3 lyginimai) sekas. Apibendrinant darbo rezultatus galima teigti, jog Borrelia garinii yra paplitusi spirochetų klasės bakterija, kurios OspA genas lemia jos virulentiškumą bei leidžia jai plisti aplinkoje. Taip pat, remiantis atliktu tyrimu, galima teigti, jog Lietuvoje rastos Borrelia garinii, pagal OspA geną, yra artimos Norvegijoje rastoms Borrelia garinii bakterijoms.
Nowadays it is possible to found various information regarding on the Borrelia garinii genome structures and its OspA gene - one of the most virulent Borrelia garinii elements of genome. Although databases are collecting various information about the Borrelia garinii and OspA gene sequences, but available data are not compared within the Lithuanian Borrelia garinii genomes. Therefore, it is not clear what are the main differences and similarities found between Lithuania and other geographical areas Borrelia garinii OspA gene sequences. The aim of this thesis is to analyze the spirochetes Borrelia garinii genome and make a comparative analysis of fifty OspA gene sequences. Detailed Borrelia garinii OspA gene research is important due to analytical and comparative lack of data regarding on OspA gene. The theoretical part of this thesis analyzes information about Borrelia garinii and its genome. In practical part fifty Borrelia garinii OspA gene sequences are compared by using computer programs such as „BioEdit" „Mega 7" and „UGENE". The results of genetic distance analysis indicated that 25.3% of 1225 OspA gene sequence comparisons was homogenical (the average genetic distance d = 0.058). The complete sequence homogeneity is found between a large number of Lithuania and Norway and Lithuania and the Czech Republic sequences. Lithuania and Norway OspA gene genetic distance results was also confirmed by the phylogenetic analysis and the nucleotide distribution tests. No homogenical results of OspA gene sequences were found by comparing the data of Lithuania and other regions (USA, Canada, Russia, Spain, Slovakia, Luxembourg, Germany and Hungary) sequences. OspA gene homogeneity of 98% was also observed comparing data from Lithuania and Hungary (4 comparisons) and Lithuania and the Czech Republic (3 comparisons). The results of the theoretical parts shows, that OspA gene determines Borrelia garinii virulence and allow it to spread in the environment. Also, the results of this thesis shows that OspA genes found in Lithuania are closely related to the Borrelia garinii OspA genes found in Norway region.
Internet: https://eltalpykla.vdu.lt/1/34744
https://hdl.handle.net/20.500.12259/34744
Appears in Collections:2017 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
arnoldas_garsanovas-md.pdf2.08 MBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

80
checked on Oct 13, 2019

Download(s)

10
checked on Oct 13, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.