Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/34742
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Krokaitė, Edvina
Title: Merkio baseino upių nendrinio dryžučio (Phalaris arundinacea L.) populiacijų genetinė įvairovė
Other Title: Genetic Diversity of Reed Canary Grass (Phalaris arundinacea L.) Populations Growing in the Merkys River Basin
Extent: 87 p.
Date: 24-May-2017
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Migliniai;Paupių augalai;Mikrosatelitai;Molekulinė įvairovė;Grasses;Riverbank plants;Microsatellite;Molecular diversity
Abstract: Nendrinis dryžutis (Phalaris arundinacea L.) viena iš Lietuvoje gausiai augančių žolinių augalų rūšių. Ši rūšis yra būdinga drėgniems dirvožemiams, dažniausiai aptinkama upių pakrantėse bei pakelių grioviuose. Antropogeninis poveikis šlapžemių ekosistemoms labai stiprus, dėl jo keičiasi kraštovaizdis bei mažėja visos sistemos natūralumas. Jautriausiai į šiuos pokyčius reaguoja paupių augalai. Tyrimų, kaip nendrinio dryžučio populiacijų genetinė įvairovė gali būti paveikta upių vagų reguliavimo iki šiol literatūroje neaprašyta. Šio darbo tikslas molekulinės genetikos metodais įvertinti ir palyginti nendrinio dryžučio populiacijų įvairovę iš natūralių ir reguliuotų Merkio baseino upių dalių. Buvo atrinktas tinkamiausias DNR išskyrimo būdas cetiltrimetilamonio bromido (CTAB) pagalba. Išbandžius literatūroje aprašytas paprastųjų kartotinių sekų (PKS) ir PGR metodų sąlygas (PGR mišinio komponentų koncentracijas, pagausinimo programos ciklus, laiką, temperatūras), Lietuvos populiacijoms įvertinti pritaikyta 14 porų mikrosatelitų pradmenų. Nendrinio dryžučio populiacijų genetinė įvairovės analizė pagal PKS žymenis atlikta kapiliarine elektroforeze. Buvo ištirta 14 populiacijų po 15 individų. Rezultatai parodė, kad Merkio baseino nendrinio dryžučio tarppopuliacinė genetinė įvairovė mažesnė už vidupopuliacinę. Nei genetinės įvairovės indeksas nebuvo aukštas. Merkio baseino aukštupio populiacijos pasižymėjo mažesne genetine įvairove, lyginant su žemupio dalimi. Vidutinis polimorfinių mikrosatelitų lokusų skaičius buvo mažesnis populiacijose iš reguliuotų upės vagos dalių, lyginant su natūraliomis. Pagrindinių principinių koordinačių analizė parodė reguliuotų upių populiacijų išsidėstymą kraštutinėse padėtyse. Pagal Bajeso klasterinę analizę pasirinktos populiacijos yra mažiausiai trijų skirtingų genetinių grupių mišinys, ir susigrupavo pagal geografinę padėtį, atskirą klasterį sudarė dvi iš keturių reguliuotų upių vagų populiacijų. Šie tyrimai parodė, kad upių vagų reguliavimas gali turėti įtakos nendrinio dryžučio populiacijų genetinei įvairovei.
Reed canary grass (Phalaris arundinacea L.) is natural species of Lithuania, widely spread along river banks and roadside ditches. Country wetland ecosystems are undergoing increasing antrophogenic impact. It is unknown about genetic diversity of reed canary grass populations affected by such factors as riverbed regulation. Till now molecular diversity studies of reed canary grass were not performed in the Baltic countries. The main purpose of this investigation was to estimate diversity of reed canary grass populations and to compare biological diversity of populations from natural and regulated rivers belonging to Merkys basin according to molecular markers. For DNA extraction CTAB method were selected. SSR and PCR conditions were adapted. For evaluation of Merkys basin populations of reed canary grass, 14 microsatellite primer pairs were applied. Genetic diversity of reed canary grass populations was estimated using capillary electrophoresis. Fourteen populations (15 individuals in each) were examined. Interpopulation molecular variance of Merkys basin populations was higher compared to intrapopulation diversity. Nei's genetic diversity index was not high. Populations of Merkys river basin in the downstream had lower genetic diversity compared with the populations from the upstream part. The average of polymorphic microsatellites loci was lower in populations of regulated river bed parts, compared to the natural. The main principal coordinate analysis showed populations of regulated rivers at marginal positions. According to Bayesian cluster analysis Merkys basin populations comprise at least three different genetic groups, related to their geographical location, as well as two out of four populations from the regulated river parts were isolated. This study showed that river riverbed regulation may have affect on genetic diversity of the reed canary grass populations.
Internet: https://eltalpykla.vdu.lt/1/34742
https://hdl.handle.net/20.500.12259/34742
Appears in Collections:2017 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
edvina_krokaite_ md.pdf1.58 MBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

106
checked on Oct 14, 2019

Download(s)

8
checked on Oct 14, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.