Šikšnosparnių audinių mikrobiomo nustatymas taikant 16S rRNR geno sekoskaitą
Kaminskaitė, Kornelija |
Šikšnosparniai atlieka labai svarbų vaidmenį ekosistemose, tačiau yra ir įvairių bakterijų bei virusų šeimininkai ir pernešėjai. Kai kurie iš šių patogenų gali patekti į kitų gyvūnų populiacijas, įskaitant žmones, ir sukelti zoonozines ligas. Šikšnosparnių mikrobiomo tyrimai gali atskleisti, kaip šikšnosparniai sąveikauja su aplinka, apdoroja maistines medžiagas ir ginasi nuo patogenų. Šios žinios yra svarbios supratimui apie šikšnosparnių fiziologiją ir turi reikšmės laukinių gyvūnų apsaugai. Naudojant 16S rRNR geno naujos kartos sekoskaitą buvo atlikta šikšnosparnių audinių mikrobiomo metagenominė analizė. Ištirti 5 Vespertilionidae šeimos kritę šikšnosparniai. Imtyje dominavo Carnobacterium genties bakterijos (39,06 %). Aptikta ir Proteus genties bakterijų (6,68 %), Lactococcus genties (3,82 %), Vagococcus – 3,13 %, Hafnia – 1,25 %, Enterococcus – 0,75 %, Leuconostoc – 0,72 %, Providencia – 0,61 %, Aeromonas – 0,54 %. Dar mažesniais kiekiais aptikta ir kitų genčių bakterijų, jų bendras procentas sudarė 43,44 %. Įvairovės indeksais įvertinta bakterijų bendruomenės įvairovė mėginiuose: remiantis apskaičiuotomis indeksų reikšmėmis – bakterijų bendrijos įvairovė yra vidutinio/didelio lygio, tačiau yra nemaža rūšių įvairovė, netolygus jų gausos pasiskirstymas.
Bats play a very important role in ecosystems, but are also hosts and vectors of various bacteria and viruses. Some of these pathogens can enter other animal populations, including humans, and cause zoonotic diseases. Studies of the bat microbiome can help to understand how bats interact with their environment, process nutrients and defend themselves against pathogens. This knowledge can lead to a better understanding of bat physiology and has implications for wildlife conservation and management. A metagenomic analysis of the microbiome of bat tissues was performed using the 16S rRNA gene next generation sequencing. 5 fallen bats of the family Vespertilionidae were analysed. The samples were dominated by bacteria of the genus Carnobacterium (39,06 %). Proteus genus (6,68 %), Lactococcus genus (3,82 %), Vagococcus genus (3,13 %), Hafnia genus (1,25 %), Enterococcus – 0,75 %, Leuconostoc – 0,72 %, Providencia – 0,61 %, Aeromonas – 0,54 % were also detected. Genus of other bacteria were found in even smaller quantities, with a total percentage of 43,44 %. Diversity indices were used to assess the diversity of the bacterial community in the samples: based on the calculated values of the indices, the diversity of the bacterial community is at a moderate/high level, but there is a considerable diversity of species and an uneven distribution of abundance.