Katininių blusų (Ctenocephalides felis) genetinė analizė
Girdauskaitė, Augustė |
Barkodingo tyrimai su molekuliniais genetiniais žymenimis turi didelę reikšmę siekiant aptikti tam tikras blusų rūšis, tokias kaip Ctenocephalides felis ir įvertinti paplitimą po įvairius geografinius regionus. Vabzdžių barkodingo tyrimuose, įskaitant blusas, mitochondrinio genomo citochromo oksidazės I subvieneto (COI) genas plačiai naudojamas kaip molekulinis žymuo daugeliui tikslų, įskaitant molekulinę tapatybę, taksonomiją, biogeografiją, genetinę įvairovę, populiacijos struktūrą ir filogeniją. Branduoliniai genomo 18S rRNR ir 28S rRNR genų fragmentai turi taip pat didelę reikšmę genetiniuose vabzdžių tyrimuose, tačiau į tyrimus įtraukiami rečiau. Šio tyrimo tikslas įvertinti molekulinių žymenų tinkamumą C. felis blusų rūšies identifikavimui ir genetinei įvairovei nustatyti. C. felis identifikavimui PGR amplifikacijos metu pagausinta 15 COI,18S, 28S genų sekų fragmentų. Amplifikuoti genų PGR produktai buvo išvalomi ir sekvenuojami. Gautos sekos buvo analizuojamos naudojant MEGA 11 programinį paketą ir lyginamos su pasaulinėmis sekomis iš NCBI genų banko. Dažniausias Lietuvos C. felis COI sekų panašumas nustatytas su C. felis felis Tailando blusų sekomis, 18S ir 28S sekų su C. felis JAV blusų sekomis.
Barcoding studies with molecular genetic markers are of great importance for the detection of certain flea species such as Ctenocephalides felis and the estimation of distribution in different geographical regions. In insect barcoding studies, including fleas, regions of cytochrome oxidase subunit I (COI) mitochondrial DNA (mtDNA) are widely used as molecular markers for many purposes, including molecular identification, taxonomy, biogeography, genetic diversity, population structure, and phylogeny. The 18S and 28S genes of the nuclear rRNA are so important in genetic studies of insects, but they are less frequently included in research. The aim of this study is to evaluate the suitability of molecular markers for species identification and genetic diversity of C. felis fleas. For identification of C. felis, fifteen fragments of COI, 18S, 28S gene sequences were amplified during PCR amplification. Amplified gene PCR products were purified and sequenced. The resulting sequences were analyzed using the MEGA 11 software package and compared with global sequences from the NCBI gene bank. The most frequent similarity of Lithuanian C. felis COI sequences was determined with C. felis felis sequences of Thailand fleas, 18S and 28S sequences with C. felis USA flea sequences.