Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/36480
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Gluoksnis, Tadas
Title: Bakterijų Rickettsia spp. genomo palyginamoji analizė
Other Title: Bacterial Rickettsia spp. genomic comparative analysis
Extent: 65 p.
Date: 25-May-2018
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Riketsija;Genomas;Analizė;Rickettsia;Genome;Analysis
Abstract: Šia analize buvo įvertinti skirtumai tarp Rickettsia spp. rūšių genomų pagal rOmpA geną. Buvo tirtos 36 rOmpA geno sekos iš skirtingų riketsijų rūšių. Tyrimams atlikti buvo naudota literatūros šaltinių analizė, surastos GenBank rOmpA geno sekos labiausiai panašios su referentine seka, sekų panašumas nustatytas naudojant BLASTN, naudotos sekos, kurių atitikimas į referentinę ne mažesnis kaip 97%. Sekų analizei naudotas MEGA 6 programinės įrangos paketas, juo sumodeliuota evoliucinių ryšių atstumų lentelė bei evoliucinių ryšių ir panašių charakteristikų filogenetiniai medžiai. Išanalizavus gautus tyrimo rezultatus, pastebėti skirtumai tarp evoliucinių ryšių ir panašių charakteristikų filogenetinių medžių. Padarytos išvados, kad nors ir sekos gali būti nutolusios viena nuo kitos pagal evoliucinius ryšius, tačiau jų bendrosios charakteristikos gali būti labai artimos. Puikus to įrodymas Rickettsia montana ir R. felis evolucinių santykių sekos yra gana tolimos, tačiau bendrosios sekų charakteristikos parodė ypač didelį artumą. Neskaitant keletos sekų, kurios yra šiek tiek toliau nutolusios nuo kitų, visos sekos tarpusavyje turi stiprius evoucinius santykius ir yra labai artimos viena kitai.
In this analysis, has been valuated the differences between Rickettsia spp. genome types according to the rOmpA gene. 36 genomic gene sequences from different rickets were investigated. The analysis of the literature were used in the studies, GenBank were used to claim the rOmpA gene sequences which are the most similar to the reference sequence, sequence similarity established using BLASTN, sequences whose compliance with the referer is at least 97% were used. MEGA 6 software package used to align these sequences ant to simulate the evolutionary relationship distance table, evolutionary relationships and similar characteristic phylogenetic trees. After analyzing the results of the study, there were noticed the differences between the evolutionary relationships phylogenetic tree and similar characteristics the phylogenetic tree. It is concluded that although the sequences may be separated from each other by evolutionary relationships, their general sequence characteristics may be very close. An excellent demonstration of it is the evolutionary relationship between Rickettsia montana and R. felis is quite distant, but the characteristics have shown a particularly close proximity. There are a few sequences of the countless, which are somewhat distant from the rest, but all of the sequences has strong evoked relationships and are very close to each other.
Internet: https://hdl.handle.net/20.500.12259/36480
Appears in Collections:2018 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
tadas_gluoksnis_md.pdf1.55 MBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

56
checked on Oct 13, 2019

Download(s)

2
checked on Oct 13, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.