Please use this identifier to cite or link to this item:https://hdl.handle.net/20.500.12259/34768
Type of publication: Magistro darbas / Master thesis
Field of Science: Biologija / Biology
Author(s): Kisevičiūtė, Sigita
Title: Cas9 nukleazės kokybės testų parinkimas ir funkcinio testo
Other Title: Cas9 nuclease quality control test methods and optimization of functional test method
Extent: 34 p.
Date: 24-May-2017
Event: Vytauto Didžiojo universitetas. Gamtos mokslų fakultetas. Biologijos katedra
Keywords: Cas9 nukleazė;gRNR;CRISPR sistema;Kokybės nustatymo metodai;Funkcinis testas;Cas9 nuclease;CRISPR system;Quality control test methods;Functional test method
Abstract: Paprasta modulinė Cas9 ir crRNR-tracrRNR komplekso organizacija, kur DNR taikinio specifiškumas yra koduojamas mažoje crRNR molekulėje, o DNR kirpimas atliekamas Cas9 baltymo, suteikia galimybę konstruoti universalias, RNR molekulėmis nukreipiamas DNR endonukleazes. Cas9-RNR kompleksai, kurie bakterijų ląstelėse užtikrina itin tikslią ir specifinę DNR hidrolizę, naudojami įvariuose tyrimuose tiek in vitro, tiek in vivo, todėl labai svarbu užtikrinti preparato kokybę: baltymas turi būti švarus ir efektyviai bei tiksliai kerpantis nukreipiant į norimą taikinį. Baigiamojo darbo metu buvo analizuojami pagrindiniai Cas9 nukleazės kokybės nustatymo metodai, įvertinant baltymo koncentraciją ir endotoksinų kiekį, lyginant skirtingus analizės metodus pagal jų tikslumą, specifiškumą bei rezultatų atsikartojamumą. Cas9 nukleazės funkcinis testas optimizuotas įvertinant metodo specifiškumą, detekcijos ribą bei atsikartojamumą.
Cas9 protein associates with dual crRNA: tracrRNA molecule to form a simple complex which cleaves target DNA. The specificity for the DNA target is encoded by crRNA and the cleavage reaction which results in double-strand break is performed by the Cas9 nuclease. This provides an opportunity to construct programmable RNA-directed DNA endonucleases. The Cas9-RNA complexes ensure very accurate and specific DNA cleavage in bacterial cells. Therefore these complexes are used in multiple studies in vitro and in vivo and it is critical to ensure product quality: protein should be pure and cleave the desired target with high efficiency and accuracy. During this study, main Cas9 nuclease quality control methods were analyzed, including evaluating protein concentration and endotoxin level, comparing different methods for the analysis of their accuracy, specificity and repeatability. The functional test of the Cas9 nuclease was optimized considering specificity, detection limit and repeatability.
Internet: https://eltalpykla.vdu.lt/1/34768
https://hdl.handle.net/20.500.12259/34768
Appears in Collections:2017 m. (GMF mag.)

Files in This Item:
sigita_kiseviciute_md.pdf948.01 kBAdobe PDF   Restricted AccessView/Open   Request a copy

Show full item record

Page view(s)

100
checked on Oct 14, 2019

Download(s)

6
checked on Oct 14, 2019

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.