Doktorantūra
Tiems, kuriuos vilioja gilesnės mokslinės studijos, tiriamasis darbas, o vėliau ir mokslininko karjera, universitetas siūlo 17 skirtingų humanitarinių, socialinių, fizinių ir biomedicinos mokslų krypčių doktorantūrą. 1989 m. atkūrus Vytauto Didžiojo universitetą, doktorantūros studijos pradėtos po ketverių metų. Nuo to laiko Lietuvos ir pasaulio mokslininkų gretas papildė daugiau nei 300 mokslo daktarų.
Universiteto doktorantai gilina konkrečios mokslų krypties teorines ir metodologines žinias, atlieka mokslinius tyrimus, dalyvauja tarptautiniuose projektuose ir stažuotėse užsienyje, dėsto paskaitas bei veda seminarus, o studijų pabaigoje gina daktaro disertaciją.
2008 m. spalį Vytauto Didžiojo, Talino ir Rygos universitetai pasirašė Baltijos doktorantūros mokyklos (angl. Baltic Graduate School for Social Sciences and Humanities) steigimo sutartį. Šios mokyklos tikslas – skatinti Baltijos universitetų bendradarbiavimą doktorantūros srityje, trečiosios pakopos studentams suteikti platesnio profilio konsultacijas ir geresnę prieigą prie jau atliktų mokslinių tyrimų, taip pat užtikrinti kokybiškesnį studentų darbų aptarimą ir vertinimą. Tokiu būdu siekiama internacionalizuoti trečiosios pakopos aukštąjį mokslą ir sukurti dėstytojus ir doktorantus jungiantį bendradarbiavimo tinklą. Naujoji doktorantūros mokykla – tarpdisciplininė: joje vystomos istorijos, kalbotyros, psichologijos, antropologijos, filosofijos, sociologijos, semiotikos bei kitos studijų kryptys. Baltijos doktorantūros mokyklos veiklą koordinuoja Talino universitete įsteigtas centras.
Pagal Lietuvos Respublikos vyriausybės nutarimus Nr.926 (2003 11 15), Nr. 1284 (2004 10 13), Nr.1285 (2004 10 13), Nr.1016 (2006 10 17), Nr.1155 (2007 10 31) Universitetas turi teisę steigti doktorantūrą ir teikti daktaro mokslo laipsnį šiose mokslo srityse:
Biomedicinos mokslai
Ekologija ir aplinkotyra visose šakose (VDU ir Lietuvos miškų institutas)
Fiziniai mokslai
Biochemija visose šakose (VDU ir Biochemijos institutas)
Chemija visose šakose (VDU ir Chemijos institutas)
Informatika visose šakose (VDU ir Matematikos ir informatikos institutas)
Fizika visose šakose (VDU ir Fizikos institutas)
Humanitariniai mokslai
Etnologija visose šakose (VDU ir Lietuvos istorijos institutas)
Filologija visose šakose (VDU ir Lietuvių kalbos institutas)
Filosofija visose šakose (VDU ir Kultūros, filosofijos ir meno institutas)
Istorija visose šakose (VDU ir Lietuvos istorijos institutas)
Menotyra visose šakose (VDU ir KTU Architektūros ir statybos institutas)
Teologija visose šakose (VDU)
Socialiniai mokslai
Edukologija visose šakose (VDU)
Ekonomika visose šakose (VDU)
Politikos mokslai visose šakose (VDU)
Psichologija visose šakose (VDU)
Sociologija visose šakose (VDU)
Vadyba ir administravimas visose šakose (VDU)
Stojantieji į doktorantūra turi atitikti nustatytus kriterijus, kurie yra skelbiami kvietime teikti dokumentus doktorantūros studijoms. Priėmimą į doktorantūros studijas organizuoja ir daugiau informacijos teikia fakultetai.










