Gimė 1969 m. Kelmėje. 1992 m. Šiaulių pedagoginiame institute įgijo specialiojo pedagogo kvalifikaciją. Ketverius metus dirbo ir gyveno Prancūzijoje Arkos (pranc. L‘Arche) bendruomenėje kartu su negalią turinčiais žmonėmis, baigė Compiègne technologijos universitete (Prancūzija) pirmuosius trečiojo studijų ciklo metus (pranc. Diplome d'Études Approfondies – DEA), jam suteiktas Komunikacijos ir apsaugos laipsnis.

2000 m. J. Ruškus Šiaulių universitete apgynė socialinių mokslų (edukologija) srities daktaro disertaciją tema „Specialiojo pedagogo socialinių nuostatų, pedagoginės sąveikos ir mokyklinės socializacijos ryšys“. Šiame universitete 2005 m. J. Ruškui suteiktas profesoriaus vardas, čia jis dirbo Socialinių tyrimų mokslinio centro direktoriumi. 2000 m. gavo Prancūzijos vyriausybės stipendiją, o 2002 ir 2004 m. – Lietuvos valstybės jaunojo mokslininko stipendiją. 2006 m. nominuotas geriausiu Šiaulių universiteto mokslininku.

2007 m. J. Ruškus pradėjo savo akademinę veiklą Vytauto Didžiojo universitete Socialinio darbo instituto direktoriumi, vėliau, kai institutas buvo reorganizuotas į Socialinės gerovės fakultetą, tapo jo dekanu. Šiuo metu J. Ruškus yra Socialinio darbo katedros profesorius. 2009–2010 m. jis ėjo VDU studijų prorektoriaus pareigas, o nuo 2010 m. yra Socialinių mokslų fakulteto dekanas.

J. Ruškus dirbo LR Studijų kokybės vertinimo centro Ekspertų tarybos pirmininku, yra ekspertas įvairiuose projektuose, LR Švietimo tarybos narys. Jis yra žurnalo „Socialinis darbas. Patirtis ir metodai“ vyr. redaktorius, mokslo žurnalų „Journal of Research in Special Educational Needs“ (Anglija), „ALTER. European Journal of Disability Research“ (Prancūzija), „Specialusis ugdymas“ ir kitų mokslo leidinių redakcinių kolegijų narys.

Švietimo ir visuomenės tyrimai yra J. Ruškaus mokslinis interesas. Neįgaliųjų, kitų atskirties grupių įgalinimas ir socialinis dalyvavimas yra bene svarbiausias J. Ruškaus tyrimų objektas. Vadovauta Lietuvos prioritetinių mokslo krypčių mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros programai „Naujų žinių ir aktyvaus neįgaliųjų bei jų šeimų socialinio dalyvavimo strategijų ir metodų kūrimas“ (2003-2006 m.), Švietimo ir mokslo ministerijos užsakytiems nacionaliniams tyrimams „Moksleiviai, dalyvaujantys neformaliajame švietime“ (2008), „Ikimokyklinio ir priešmokyklinio ugdymo vadybos kokybė“ (2009). Septyneri J. Ruškaus doktorantai yra apgynę daktaro disertacijas.

J. Ruškus skaitė paskaitas Prancūzijos, Portugalijos, Belgijos, Švedijos universitetuose. Jis yra autorius trijų mokslo monografijų: „Negalės fenomenas“, taip pat su bendraautoriais, “Neįgalumas ir socialinis dalyvavimas. Kritinė patirties ir galimybių Lietuvoje refleksija” bei “Neįgaliųjų dalyvavimas darbo rinkoje: profesinio rengimo ir profesinės adaptacijos sąveika“. Taip pat jis yra autorius trijų publikuotų mokslo studijų (su bendraautoriais - „Neformalusis švietimas Lietuvoje. Faktai, interesai, vertinimai“, „Aukštasis mokslas ir studentai, turintys negalių. Būklės ir galimybių analizė“, „Nepilnamečių resocializacija. Priežiūros įstaigų psichosocialinė ir edukacinė situacija Lietuvoje“, „Prekybos moterimis ir prostitucijos aukų reabilitacija ir reintegracija“). J. Ruškus taip pat yra per 60-ies straipsnių užsienio ir Lietuvos mokslo žurnaluose autorius ir bendraautorius, publicistinių poleminių straipsnių autorius.