Taryba yra kolegialus valdymo organas, kuris tvirtina universiteto viziją ir misiją, rektoriaus pateiktą strateginį veiklos planą, svarsto ir tvirtina rektoriaus teikiamus universiteto struktūros pertvarkos planus, nustato universiteto rektoriaus rinkimų viešo konkurso būdu organizavimo tvarką, renka, skiria į pareigas ir atleidžia iš jų rektorių, nustato universiteto lėšų (taip pat lėšų, skirtų vadovų ir kitų darbuotojų darbo užmokesčiui) ir turto valdymo, naudojimo ir disponavimo jais tvarką, svarsto ir tvirtina svarbiausius su tuo susijusius sprendimus, rūpinasi parama universitetui bei atlieka kitas funkcijas. Universiteto Taryba sudaroma 5 metams iš 11 narių.
Senatas yra kolegiali universiteto akademinių reikalų valdymo institucija. Jis sudaromas 5 metams iš 45–60 mokslininkų, pripažintų menininkų bei studentų. Dabartinis Senatas penkerių metų kadencijai buvo sudarytas 2010 m. spalio 13 d. Senatą sudaro 54 nariai.
Rektorius vadovauja universitetui, veikia jo vardu ir jam atstovauja. Universiteto rektorių 5 metų kadencijai ir ne daugiau kaip dviem kadencijoms iš eilės viešo konkurso būdu renka, skiria į pareigas ir atleidžia iš jų Universiteto Taryba. Rektorius atsako už tai, kad universiteto veikla atitiktų įstatymus, universiteto statutą, kitus teisės aktus, leidžia įsakymus, skatina darbuotojus ir studentus, atsako už universiteto finansinę veiklą, tinkamą turto valdymą, naudojimą ir disponavimą juo, rūpinasi teikiamo aukštojo išsilavinimo, mokslinių tyrimų, kultūrinės ir meninės veiklos lygiu ir t. t. 2010 m. rugpjūčio 28 d. Universiteto Taryba rektoriumi antrajai kadencijai išrinko prof. Zigmą Lydeką. Visų universiteto rektorių sąrašą rasite čia.
Rektoriaus patariamoji institucija yra rektoratas. Jį sudaro rektorius, prorektoriai, fakultetų dekanai ir jiems prilygintų akademinių padalinių vadovai, Studentų atstovybės prezidentas, taip pat rektoriaus įsakymu paskirti kitų padalinių vadovai. Rektoratas rengia universiteto plėtros perspektyvinius planus, svarsto studijų, mokslo, ūkio organizavimo klausimus, rengia universiteto veiklos metinę ataskaitą, pedagoginio krūvio normas ir kitus darbo normatyvus, koordinuoja ir kontroliuoja fakultetų ir kitų savarankiškų padalinių darbą, koordinuoja universiteto ryšius su Lietuvos ir užsienio mokslo, studijų, verslo, pramonės ir kitomis institucijomis, atlieka kitas funkcijas. Rektorato darbą organizuoti padeda Rektorato sekretoriatas. Visų Rektorato narių sąrašą bei jų gyvenimo aprašymus rasite čia.