Studijas organizuoja dešimt fakultetų: Humanitarinių mokslų, Ekonomikos ir vadybos, Gamtos mokslų, Informatikos, Katalikų teologijos, Menų, Socialinių mokslų (kuriam priklauso Socialinės gerovės institutas), Politikos mokslų ir diplomatijos, Teisės, taip pat Muzikos akademija.
Daugiau informacijos apie kiekvieną fakultetą rasite tinklalapio skiltyje Fakultetai.
Inovatyvių studijų instituto paskirtis – vadovaujantis Universiteto tikslais ir uždaviniais, strateginiu veiklos planu, įgyvendinant šalies informacinės ir technologinės kultūros ugdymo politiką bei remiantis Europos aukštojo mokslo modernizavimo gairėmis, vykdyti studijų inovacijų, technologijomis grįstų studijų mokslinius tyrimus, jų pagrindu modernizuoti Universiteto studijų programas, organizuoti tarpkryptines, tarptautines, technologijomis grįstas studijas, ugdyti Universiteto bendruomenę, gebančią taikyti inovatyvius technologinius sprendimus studijų procese.
Daugiau informacijos apie VDU Inovatyvių studijų institutą rasite interneto svetainėje isi.vdu.lt.
Vytauto Didžiojo universiteto akademinis padalinys yra ir Kauno botanikos sodas.
Daugiau informacijos apie VDU Kauno botanikos sodą rasite interneto svetainėje botanika.vdu.lt.
Įgyvendinant Vytauto Didžiojo universiteto strateginius uždavinius, aktyviai dalyvauja universitetiniai centrai. Universitete veikia: Energetinio saugumo tyrimų centras, Karjeros ir kompetencijų centras, Menų centras, Sporto centras, Kokybės ir inovacijų centras, Tęstinių studijų centras, Užsienio kalbų centras.
Daugiau informacijos apie kiekvieno centro veiklą rasite tinklalapio skiltyje Universitetiniai centrai.
Administracines ir aptarnavimo funkcijas VDU vykdo bei ūkinės veiklos uždavinius įgyvendina įvairios tarnybos ir kiti universiteto padaliniai. Universitete veikia Akademinių reikalų, Mokslo, Finansų, Infrastruktūros, Personalo, Projektinės veiklos, Studijų marketingo, Studentų reikalų, Tarptautinių ryšių, Vidaus audito, Viešosios komunikacijos tarnybos, veiklą vykdo Rektorato sekretoriatas, raštinė, archyvas, biblioteka, leidykla bei Lietuvių kalbos konsultacinis punktas.
Daugiau informacijos rasite tinklalapio skiltyje Tarnybos ir kiti padaliniai.
Universitete veikia studentų savivaldos ir profesinės organizacijos. VDU yra 10 viešųjų įstaigų steigėjas.
Daugiau informacijos rasite tinklalapio skiltyse Savivaldos ir profesinės organizacijos ir Viešosios įstaigos, kurių steigėjas - VDU.