Vytauto Didžiojo universitetas iš kitų Lietuvos aukštųjų mokyklų išsiskiria plačiomis bendrauniversitetinėmis studijomis, kurias baigus ne tik suteikiamas kvalifikacinis bakalauro ar magistro laipsnis, bet kartu išugdomas gebantis savarankiškai bei kūrybiškai mąstyti, imlus naujovėms absolventas, aktyvus pilietinės visuomenės narys, siekiantis mokytis ir tobulėti visą gyvenimą.
Konkurse į pirmosios pakopos (bakalauro) studijas dalyvauja viduriniųjų mokyklų ir gimnazijų abiturientai. Po 4–6 studijų metų, kurių metu įgyjamas bendrasis universitetinis išsilavinimas ir konkrečios studijų krypties profesinis pasirengimas, suteikiamas bakalauro kvalifikacinis laipsnis.
Vytauto Didžiojo universitete visi bakalauro studijų studentai, be savo specialybės studijų, gali nemokamai rinktis ir bet kurios kitos programos gretutines studijas. Pradėti studijuoti gretutinę studijų programą studentai gali jau nuo pirmojo semestro. 2011 m. į universitetą priimti studentai gali rinktis iš 27 gretutinių studijų programų, o sėkmingai baigus studijas, jų diplomuose bus įrašytas dvigubos kvalifikacijos laipsnis.
1,5–2 metų trukmės antrosios pakopos (magistrantūros) studijos skirtos pagilinti arba išplėsti bakalauro laipsnį turinčio absolvento kompetencijas pasirinktoje studijų kryptyje. Pavyzdžiui, politikos mokslų bakalauro laipsnį įgiję universiteto absolventai magistrantūros studijose gali toliau gilinti žinias „Šiuolaikinės Europos politikos“ ar „Diplomatijos ir tarptautinių santykių“ programose arba rinktis giminingas Baltijos ar Rytų Azijos regionų studijas, studijuoti žurnalistiką ar makroekonomiką, rinktis vientisąsias teisės studijas.
Vientisosios studijos – tai nepertraukiamos pirmosios ir antrosios pakopos studijos, kurias baigus taip pat suteikiamas magistro kvalifikacinis laipsnis. Šiuo metu VDU galima rinktis Teisės vientisųjų studijų programą.
Baigus trečiosios pakopos arba doktorantūros studijas, suteikiamas daktaro mokslo laipsnis.
Universitete taip pat vykdomos podiplominės studijos, skirtos persikvalifikuoti, kvalifikacijai pasirinktoje studijų kryptyje kelti arba profesiniams įgūdžiams tobulinti.
Stojantieji į magistrantūrą bei doktorantūrą VDU gali rinktis nuolatinę arba ištęstinę studijų formą.Ištęstinės studijos yra lankstesnės: jų trukmė, paskaitų ir konsultacijų laikas, egzaminų sesijos grafikas sudaromas taip, kad studijas universitete studentas galėtų sėkmingai derinti su profesine veikla.
VDU laikomasi liberalios studijų politikos, kuri leidžia studentams patiems susidaryti savo studijų planus, nuspręsti, kada ir kokius dalykus studijuoti. Suteikiama galimybė pereiti iš vienos studijų programos į kitą bei keisti studijų formą, pavyzdžiui, pereiti iš ištęstinės formos studijų į nuolatines ir atvirkščiai. Su pagrindinės specialybės bakalauro diplomu VDU studentai taip pat gali įgyti gretutinės specialybės pažymėjimą ir vėliau stoti į kitos studijų krypties magistrantūrą.
2011 m. VDU stojantiesiems siūlo rinktis iš 32 bakalauro, 49 magistrantūros (8 iš jų ir anglų kalba) bei 16 podiplominių studijų programų. Taip pat priimama į vientisąsias teisės studijas, papildomąsias studijas kolegijų absolventams ir į doktorantūrą. VDU šiandien labiausiai išplėtotos yra humanitarinių ir socialinių mokslų studijos, tačiau kasmet vis daugiau stojančiųjų dėmesio susilaukia menų, fizinių ir tiksliųjų mokslų programos – verslo ir taikomoji informatika, matematika ir jos taikymas, energetikos fizika, aplinkotyra bei biologija.